San Martin elizan sartzen den edonor, sartu bezain laster, organoaren edertasunak jota gelditzen da ezinbestean. Izan ere, kaxa bera (osagairik begi-bistakoena) berehalakoan nabarmentzen da, oso dotorea baita. Juan Antonio de Maiz eta Joaquin Antonio Berasategui maisuek egindako lana da (organo egileak ezarritako trazari jarraituz).
Organoaren fatxada edo aurrealde horrek hiru zati dauzka:
Organo honek bi teklatu dauzka: bata, eskuekin jotzekoa, 45 nota dituena (C-c’’’), “de octava grave diatónica u octava corta” erakoa; bestea, 8 nota dituena (C-H), “diatónico de Contras” deitu motakoa. Horiez gain, 35 erdi erregistro ditu (15 bajuentzat eta 20 tipleentzat) eta kontra multzo bat ere bai. Tiragailuak intxaurrondoaren egurrez eginak daude, ezpelezko muturrak dituztelarik.
Guztira 1450 hodi dauzka organoak: 1399 soinudun edo benetakoak eta 51 gezurrezkoak edo apaingarri bezala daudenak. Hodiok egiteko eztainua eta gaztainondoaren zein haritzaren egurra erabili dira.
Sekretua intxaurrondoaren egurrez egina dago eta pieza bakarrekoa da; bere hamaika oholen gainean daude ipinita hodiak. Kontren sekretuak, aldiz, bi pieza dauzka.
Organoak hain beharrezkoa duen haizea lortzeko bi hauspo ditu (eta hauspo bakoitzak zazpi tolesdura), kuneiforme edo abaniko itxurakoak. Egurra haritzarena da eta larrua baldes motakoa. Hauspoen neurriak hauexek dira: 1950 x 1040 mm. Hauspo horiek “elikatzeko”, soinu gabeko kabina batean, motoredun haizagailu isil bat ere bada. Beraz, hauspoak mugitzeko bi era daude: